يقول المؤرخون أن كلا من كليوباترا وقيصر سعيا لاستخدام الآخر فقيصر سعى للمال لتسديد الديون التي تكبدها من والد كليوباترا اوليتيس من اجل الاحتفاظ بالعرش. في حين أن كليوباترا كانت عازمة على الاحتفاظ بعرشها واذا أمكن استعادة أمجاد البطالمة الأوائل واسترداد أكبر قدر ممكن من سطوتهم والتي شملت سوريا وفلسطين وقبرص.
وتوطدت أواصر العلاقة بينهما و ولدت له بعد رحيله طفلا أسمته بطليموس قيصر أو بطليموس الخامس عشر -وأطلق عليه الاسكندريون اسم التصغير قيصرون-
نحت للملكة كليوبترا وابنها قيصرون في معبد دندرة
تكوينها لجيش ومواجهتها لأخيها
وقع الملك بطليموس الثالث عشر تحت تأثير مستشاريه الذين عملوا على ابعاد كليوباترا وطردها من الإسكندرية للانفراد بالسلطة فلجأت إلى شرقي مصر واستطاعت تجنيد جيش من البدو لاستعادة موقعها. عند وصولها إلى بيلوزيوم (بور سعيد حاليا) حيث كان يتصدى لها جيش أخيها وصلت سفينة القائد الروماني بومبي على اثر هزيمته في معركة فرسالوس (48 ق.م) , فما كان من أوصياء الملك الاّ أن دبّروا مقتله وقدّموا رأسه إلى القائد المنتصر يوليوس قيصر الذي وصل الإسكندرية في 2 أكتوبر عام 48 ق.م.
وقد نجحت كليوباترا في اختراق صفوف خصومها بعد أن حاول أخيها بطليموس الثالث عشر التقرب إلى القيصر حيث وجدها فرصة لاعلان ولائه الكامل وعمل قدر طاقته على تملّقه والتقرب اليه هكذا بدأت علاقة تاريخية بين قيصر وكليوباترا في القصر الملكي فقد قرر الوقوف إلى جانبها واعادتها إلى عرش مصر.
لكن أوصياء أخيها حرّضوا جماهير الإسكندرية ضد كليوباترا وزحف الجيش الموالي لهم وحاصروا قيصر وكليوباترا في القصر الملكي فبدأت حرب الإسكندرية التي حسمها يوليوس قيصر في مطلع عام 47 ق.م بعد أن وصلته النجدات وانتهت بمقتل الملك بطليموس الثالث عشر وأعوانه وتسلمّت كليوباترا عرش مصر مع أخيها الاصغر بطليموس الرابع عشر وبقي قيصر إلى جانبها ثلاثة أشهر.
