ساعدت شجرة الدرعز الدين أيبك علي التخلص من فارس الدين أقطاي الذي سبب لهم مشاكل عديدة في حكم البلاد والذي كان يعد من أشرس القادة المسلمين في عصره كما كانت لكلمته صدى واضح في تحركات الجند بكل مكان.
وفاتها
غير أن أيبك انقلب عليها بعدما أحكم قبضته على الحكم في البلاد وتخلص من منافسيه في الداخل ومناوئيه من الأيوبيين في الخارج وتمرس بإدارة شوؤن البلاد وبدأ في اتخاذ خطوات للزواج من ابنة "بدر الدين لؤلؤ" صاحب الموصل.
فغضبت شجر الدر لذلك وأسرعت في تدبير مؤامرتها للتخلص من أيبك فأرسلت إليه تسترضيه وتتلطف معه وتطلب عفوه فانخدع لحيلتها واستجاب لدعوتها وذهب إلى القلعة حيث لقي حتفه هناك في 23 ربيع الأول 655 هـ (1257م).
أشاعت شجر الدر أن المعزّ لدين الله أيبك قد مات فجأة بالليل ولكن مماليك أيبك لم يصدقوها فقبضوا عليها وحملوها إلى امرأة عز الدين أيبك التي أمرت جواريها بقتلها بعد أيام قليلة فقاموا بضربها بالقباقيب علي رأسها وألقوا بها من فوق سور القلعة ولم تدفن إلا بعد عدة أيام.
وهكذا أنتهت حياتها على هذا النحو بعد أن كانت ملء الأسماع والأبصار وقد أثنى عليها المؤرخون المعاصرون لدولة المماليك فيقول "ابن تغري بردي" عنها "وكانت خيّرة دَيِّنة رئيسة عظيمة في النفوس ولها مآثر وأوقاف على وجوه البِرّ معروفة بها…".
