قبة السلطانة شجرة الدر هي عبارة عن غرفة دفن مربعة الشكل تعلوها قبة وهناك ثلاثة أبواب في وسط ثلاثة من أضلاعها بينما يوجد المحراب في وسط الضلع الرابع من جهة القبلة.
وللمحراب بروز شبه دائري من الخارج وعلى كل جانب من جانبيه كوة يعلوها عقد ذو زاوية.
وفي وسط كل ضلع من الأضلع الأربعة للضريح توجد كوة مستطيلة من الجص بالداخل.
ويعلو كوة المحراب عقد نصف دائري. وجميع العقود محمولة على إفريز خشبي يحتضن الضريح تماما.
والمحراب هو أول نموذج في مصر يحتوي على فسيفساء في شكل شريط مضفر وسط خلفية مذهبة وبه رسم لشجرة بأغصان مسترسلة.
ويوجد في وسط الضريح تابوت من خشب حديث نسبي يضم أجزاء أخذت من التابوت القديم.
